在分居三年起诉离婚的案件中，存在一些特殊情况或例外情形，会对处理结果产生影响，以下为您解释说明。
1、一方患有法定禁止结婚疾病或有生理缺陷等情形。如果在分居三年起诉离婚的案件中，一方患有医学上认为不应当结婚的疾病，或者一方有生理缺陷，且难以治愈，这可能会对法院认定“感情确已破裂”产生影响。若该情形是导致感情不和分居的重要原因，可能会加速离婚进程；但如果另一方以此为由要求损害赔偿，且符合法律规定，也可能影响财产分割等结果。
2、分居期间双方有共同生育子女或重大财产赠与行为。如果在分居三年期间，双方共同生育了子女，那么子女的抚养问题（如抚养权归属、抚养费数额）会成为离婚诉讼中的重要争议点，直接影响案件的审理方向和结果；若一方在分居期间将大额夫妻共同财产赠与他人，且未征得另一方同意，该赠与行为可能被认定为无效，进而影响财产分割的范围和比例。
3、一方为现役军人且不同意离婚。如果分居三年起诉离婚案件中的被告是现役军人，且其不同意离婚，同时无重大过错（如重婚、家庭暴力等），那么根据《婚姻法》对军婚的特殊保护规定，法院一般不会判决离婚，除非军人一方有重大过错，这会显著增加离婚的难度和时间成本。
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分居三年起诉离婚虽符合法定情形之一，但仍可能面临一些法律风险，以下为您举例说明。
1、法院可能因证据不足不认可分居事实。如果您仅口头声称分居三年，但无法提供如租赁合同、分居协议、有效通信记录等实质性证据，或者提供的证人证言模糊不清、与双方有利害关系，那么法院是可能会因证据不足而不认可您分居三年的事实，进而影响离婚判决结果的。
2、财产分割时可能因举证不力导致权益受损。如果在分居三年期间，一方对夫妻共同财产的状况（如银行存款、房产增值、投资收益等）了解不清，且在诉讼中无法提供相关财产线索和证据，那么在财产分割时是可能会出现对该方不利的情况，导致应得的财产份额减少。
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您问的分居三年起诉离婚，其流程主要包括提交材料、法院受理、调解、审理和判决等环节。
分居三年起诉离婚的流程主要包括提交离婚诉状、法院受理、调解、开庭审理和判决。

如果或若存在感情不和且分居满三年的情况，符合法定应准予离婚的条件之一，法院调解无效后通常会判决离婚。
如果或若存在分居三年但并非因感情不和（如工作调动等客观原因）的情况，则不能直接依据分居满两年的法定情形判决离婚，仍需结合其他证据证明感情破裂。
如果或若存在对方不同意离婚且无其他法定感情破裂情形的情况，第一次起诉法院可能判决不准离婚，原告需在判决生效后六个月再次起诉。
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在分居三年起诉离婚的过程中，有些错误操作可能会影响案件进展，需要特别注意避免。
1、忽视分居原因和时间的证据固定：很多人认为分居满三年就一定能判离，却忽视收集“因感情不和”分居的证据，或无法证明分居时间的连续性（如期间有短暂共同居住），这可能导致法院不认可分居事实，从而影响离婚判决。
2、财产转移或隐匿：在起诉离婚前或诉讼过程中，一方擅自转移、变卖、毁损夫妻共同财产，或伪造债务企图侵占另一方财产，不仅可能在财产分割时少分或不分财产，还会损害自身信誉，对案件产生不利影响。
3、拒绝参与调解或庭审：有的当事人因情绪对立，拒绝参与法院调解或无正当理由拒不到庭，这可能被法院视为对诉讼权利的漠视，调解是离婚诉讼的必经程序，积极参与有助于化解矛盾或为庭审做好准备，拒不到庭可能导致缺席判决，自身权益也难以充分维护。

如果您不确定自己的行为是否恰当，或想了解如何更好地维护自身权益，建议及时向律师进行进一步咨询。

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